农药残留对人体健康有不良影响，同理，对野生生物和环境也有影响。野生生物也是人类大家庭必不可少的成员，因此，使用农药也要考虑对所有野生生物的不良影响。野生动物也喝被农药污染过的水，也吃残留农药的食物，也可能在喷洒农药时直接沾染农药。结果，野生生物的总数变少，区域分布变窄，种间平衡变坏，最终产生了重要的生态效应。
所有种群，诸如植物，细菌，病毒，微生物，昆虫，以至鱼，虾，鸟和哺乳动物等，无一幸免。使用农药破坏了野生生物的栖息地，也破坏了野生生物的食物来源。使用农药也能造成野生生物大量死亡的突发事件。科学家研究了当年总数为558个事件，其中41%起源于农药的使用。继而研究了下一年的624个事件，35%来自于农药中毒。农药已经成为了野生生物货真价实的天敌。
科学家认为野生生物大量死亡的最大原因是到处未加思考地滥用农药，包括在猎食中添加农药，引诱食肉动物上钩，然后杀死它们。这类化学品有番木鳖碱，Alpha-氯醛糖和速灭磷等三种农药。另外，喷洒和存储农药时粗心大意，也能误杀人类的朋友。人类的好朋友和宠物猫和狗之类也不能幸免，频频农药中毒。
蜜蜂如何?因农药死亡的蜜蜂的死亡率则是高达72%。为了除虫，向油菜上喷洒三唑磷(大鼠口服半致死剂量LD50=82毫克/公斤)，蜜蜂吸了沾染农药的花粉也就中了毒，以致死亡;喷洒农药的方式不当，更加剧了蜜蜂的大量死亡。蜂蜜因此也有有机磷农药残留，买蜂密时全面的村镇信息共享要注意产品说明书。
鱼鹰和水獭也免不了遭恶运。河鱼有较高农药残留，也威胁到食鱼的鸟兽，如鱼鹰和仙鹤，水獭等，也会中毒死亡。
野鸽快灭种了。现在野鸽数量愈来愈少，科学家查到野鸽体内有有机氯农药残留。他们收集到122个样本，其中42%含有DDT的代谢产物，其中三例还超过了最大容许值;41%查出了林丹。
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