查氏为海宁世家望族。穆旦祖父查美荫曾任易州知州和直隶州知州，天津和河间等府盐浦同知等职。
1935年高中毕业后，穆旦被3所大学录取，他最终选择了清华大学外文系。在大半年时间里，穆旦随着学校从北京到长沙，又从长沙到昆明，其间经历了数千里难以想象的长途跋涉。
抗战时，清华南迁。学校从长沙迁往昆明的时候，穆旦参加的是步行团（美其名曰“湘黔滇旅行团”）。
无论在长沙还是昆明，当时的办学条件都极其艰苦。晚上，只能在极其微弱的菜油灯下读书，而一起议论时局国事则成为他们必备的功课。但是因为与闻一多、陈寅恪、朱自清、吴宓、冯至、金岳霖、郑天挺、冯友兰、叶公超、燕卜逊等名师大家朝夕相处，穆旦、袁可嘉、郑敏等后来的“九叶派”诗人，无论是在人格还是在学养上都受益终生。
1942年2月，杜聿明率军入缅甸作战，并致函西南联大，征求精通英文的教师从军。3月，穆旦即辞去西南联大教职，参加了中国远征军。穆旦任随军翻译，远赴缅甸抗日战场。
穆旦跟随杜聿明的中路远征军第五军新编第22师。军队入缅作战半年，当时正值东南亚雨季，致使军中因疫病流行和饥饿难耐而损伤大半。六七月间，缅甸几乎整日倾盆大雨，穆旦所在部队当时正身处原始森林之中。蚂蟥、蚊虫以及千奇百怪的热带小虫数不胜数，因此疟疾、痢疾、回归热等传染病几乎不可控制，尤其令人恐怖的是吸血蚂蟥和蚂蚁。杜聿明将军曾在《中国远征军入缅对日作战述略》一书中，将此惨不忍睹的场景予以记述，“一个发高烧的人一经昏迷不醒，加上蚂蟥吸血，蚂蚁侵蚀，大雨冲洗，数小时内就变成白骨。官兵死亡累累，前后相继，沿途尸骨遍野，惨绝人寰。”沿途留下的是触目惊心的一地白骨，仿佛活脱脱的难以置信的人间地狱。当时穆旦的马死了，传令兵也死了。穆旦拖着肿胀的腿在死人堆里艰难行进，有时近乎爬行。除了战争以及雨季和疾病的考验，最让穆旦等将士们难以忍受的则是饥饿，其中最长的一次有14天没有补给。穆旦和其他士兵不得不发了疯似的在山中和森林里寻找一切可以吃的东西，比如野果、蘑菇、芭蕉、老鼠、蛇、青蛙。穆旦随军在森林中步行4个月，九死一生，到达印度。
1943年年初，穆旦从印度辗转归国。他将入缅作战的经历写进了诗歌《森林之魅——祭胡康河上的白骨》和长诗《隐现》当中。“为什么一切发光的领我来到绝顶的黑暗/坐在崩溃的峰顶让我静静地哭泣。”
1949年，穆旦赴芝加哥大学攻读英文系硕士学位，并与早在国内相识的周与良在杰克逊维尔完婚，课余时间他不停打工以维持生计。艰苦的求学生活、参加抗日远征军的经历，以及对祖国和亲人的怀念，使得穆旦一直有强烈的回国冲动，而在回国的问题上，他经常与其他留学生甚至与周与良产生分歧。他一直坚持留学生应该最终回到祖国去，所以当时很多同学以及朋友都以为他是共产党。穆旦没有亲眼目睹和亲身体验新中国成立的气氛，远在国外的他，通过各种途径在思想上不断充实自己。穆旦苦修俄文就是一个最好的证明。1950年穆旦在芝加哥大学选修俄国文学，并背诵下整部俄语辞典。1953年年初，在他不断努力与争取下，历经周折，终于与周与良回到中国。
回国后，穆旦一直从事外文翻译和教学工作。并最终选择了和妻子一起到南开大学任教。
然而平稳的日子很快就结束了。1954年，穆旦因参加过中国远征军被列为审查对象，受到不公正待遇。
在“肃反”运动和文化大革命中，穆旦和妻子都遭到批斗。在如此酷烈的时代语境下，穆旦虽然被迫停止了诗歌创作，但他仍不肯放下手中的笔，一直坚持诗歌创作和文学翻译。
“文革”开始时，南开大学有100多位教授和干部被打倒，穆旦也因远征军问题再次被划为“历史反革命”。穆旦家首当其冲，被抄家。据周与良回忆，抄家的次数太多，不仅日常用品和衣服、被褥被当作“四旧”拉走，而且很多手稿和书籍几乎被洗劫一空。让穆旦稍感安慰和庆幸的是，他苦心孤诣翻译的《唐璜》手稿没有被抄走。造反派在房间里四处贴上标语，“砸烂反革命分子查良铮狗头”。穆旦被派去打扫图书馆、校园道路、厕所和游泳池。每晚回家，看到家中一片狼藉。
1976年“四人帮”倒台后，穆旦在新购买的《且介亭杂文》的扉页上兴奋地写下“于‘四人帮’揪出后，文学事业有望，购《且介亭杂文》三册为念”。穆旦高兴地对妻子周与良说的第一句话就是“希望又能写诗了”，他“相信手中这支笔，还会重新恢复青春”。然而因为连年政治运动的冲击，心有余悸的周与良却反对穆旦写诗，“咱们过些平安的日子吧，你不要再写了”。而实际上即使是在“文革”期间，穆旦也并未因政治运动的高压而搁笔，而是背着家人，偷偷地在纸条、烟盒、信封、日历上将自己的感受转换成诗行。在诗坛沉寂近20年后，在生命的最后时日，在“心灵投资的银行已经关闭”的严酷岁月，穆旦又重新使诗歌焕发出光辉。这也为一个诗人一生的写作画上了完满的句号。当然，这些诗句的背后是一个诗人无比深重的苦难，更有一个诗人的良知，而诗则成了苦痛的“至高的见证”。
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